Secuencia genomica completa de un aislado peruano de Andean potato mottle virus (APMoV, genero Comovirus) utilizando secuenciamiento de siguiente generacion uri icon

abstract

  • Andean potato mottle virus (APMoV, genero Comovirus) es un patogeno importante de varias plantas Solanaceas, que incluyen papa, tomate y tabaco, pero hasta la fecha solo esta disponible datos de secuencias parciales. En este estudio, se determino el genoma completo de APMoV utilizando secuenciamiento con ARN pequenos de interferencia (ARNpi) y su ensamblaje. Se extrajo ARN total de APMoV de una planta de Nicotian abigelovii x N. clevelandii infectada utilizando Trizol y se mezclo en igual proporcion junto con otras 16 muestras, enviandose posteriormente a secuenciar los ARNpi utilizando la plataforma de Illlumina Hiseq2000. Se ensamblaron las secuencias utilizando el comando AssemblyAssebler (v1.4) con un rango de longitudes de hash de 13 a 25. Los 'contigs' que se produjeron se identificaron por BLAST contra las secuencias del Gen Bank y se extrajeron las correspondientes a comovirus. De la mezcla de muestras, se obtuvieron un total de 15,463,901 lecturas (reads) entre 21-24 nts, las que produjeron 8 'contigs' correspondientes a comovirus. Siete 'contigs' correpondieron al ARN1 y se pudieron ensamblar en 2 'supercontigs'. El espacio (de 4 nucleotidos) entre los dos 'supercontigs' se pudo llenar utilizando PCR secuenciacion Sanger. El 'contig' restante abarco el ARN2. Utilizando adaptadores a los extremos del ARN, se determino el extremo 5' del ARN2. Se confirmo la secuencia utilizando MAQ realineando los ARNpi a la secuencia consenso, con una cobertura promedio de 376x por 103605 reads (0.66% del total de reads) para ARN1 y 597x por 102329 reads (0.66 % del total de reads) para ARN2. Un grafico de la cobertura de ARNpi en el genoma viral revelo tres posiciones de 21 nts que tuvieron una extremadamente alta cobertura de ARNpi comparadas con el resto del genoma. La organizacion genomica, identidad con otros comovirus y el analisis filogenetico confirma a APMoV como un miembro tipico del genero Comovirus

publication date

  • 2013